Huaaa no sabia que hacer, pensé que me faltaba java, pero no.
Simple hay un problema con algunas aplicaciones hecha en java (el caso de Zend Studio) y compiz, SOLUCIÓN: deshabilita compiz y ¡¡buala!!
PD: para deshabilitar compiz ( lo sé es muy sencillo y casi obvio, pero igual), Sistema -> Preferencias -> Apariencia -> Efectos Visuales -> Ninguno
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